La MAFIL s’est attachée à démontrer que déjà aux hautes époques le Ladakh était à la croisée des mondes centrasiatique, indien et tibétain en focalisant ses recherches sur:
-les vestiges de la vallée de la Nubra avec la mise au jour d’outils lithiques remontant au Pléistocène final et au début de l’Holocène, la première étude systématique de la céramique pour la zone himalayenne ainsi que l’étude architecturale d’un stupa bouddhique monumental attestant d’une première diffusion du Bouddhisme au Ladakh dans le dernier quart du 1er millénaire de notre ère depuis le Cachemire et/ou l’Asie Centrale;
– le site bouddhique en ruines de Leh Choskor, emblématique de la Seconde Diffusion (phyi dar) du Bouddhisme en Himalaya occidental (10e-13e siècles), qui compte plus de 135 structures, dont 3 temples et 45 chortens, réparties sur 2,4 hectares;
– une étude de l’art rupestre de plein air réparti sur l’ensemble du Ladakh avec près de 90 sites documentés de manière systématique pour un total d’environ 17,000 pétroglyphes, de l’Âge du Bronze à la Seconde Diffusion du Bouddhisme.